Am 20. April 2008 wurde Lugo mit 40,8 Prozent zum Präsidenten Paraguays gewählt und setzte damit der 61jährigen Regierungszeit der konservativen Colorados ein Ende. Die Amtsübernahme findet am 15. August diesen Jahres statt.
In Vorbereitung der Amtsübernahme traf sich der Fernando Lugo, gewählte Präsident Paraguays, in Asunción mit der kubanischen Ärztin Aleida Guevara und dem basilianischen Befreiungstheologen Leonardo Boff zusammen, zum Ideenaustausch über den anstehenden politischen Wandel. Bei Boff lernte Lugo in den 80er Jahren die Befreiungstheologie kennen.
Guevara, Tochter des lateinamerikanischen Revolutionäre Che Guevara, erklärte auf einer Pressekonferenz: "Ich präsentiere ihm keine Vorschläge, weil er als künftiger Präsident eine eigenen Pläne hat." Aus ihrer Sicht sollten die Prioritäten auf der Situation der Indigenen, Straßenkindern und der Armut auf dem Lande gelegt werden.